科技型中小企業申報工作實行網絡化管理，申報工作在“全國科技型中小企業評價工作系統”（網址：www.innofund.gov.cn）中進行。申報流程示意如下：
1.注冊登記。企業在注冊登記相關信息后，評價工作機構進行形式審查，并以郵件或短信形式通知企業法定代表人和聯系人，形式審查不合格的，企業可補正后再次提交。
2.自主評價。注冊成功的企業可在線填報《科技型中小企業信息表》并上傳相關證明文件，同時上傳有法定代表人簽名和加蓋企業公章的《信息表》首頁原件。
3.形式審查。評價工作機構對企業提交的《信息表》及相關附件進行形式審查，審核通過的，系統將提交至省級科技管理部門；未通過的，系統通知企業法定代表人和聯系人進行補正，企業補正后再次提交《信息表》的，視同第一次填報。
4.若符合下列條件中的一項，則可直接確認符合科技型中小企業條件：
（1）企業擁有有效期內高新技術企業資格證書；
（2）企業近五年內獲得過國家級科技獎勵，并在獲獎單位中排在前三名；
（3）企業擁有經認定的省部級以上研發機構；
（4）企業近五年內主導制定過國際標準、國家標準或行業標準。
5.名單公示。省科技管理部門對信息審核通過的《信息表》進行匯總，發現不符合要求的，退回評價工作機構。省級科技管理部門匯總擬入庫企業名單，按批次生成公示文件，在服務平臺上公示10個工作日。
6.入庫公告。公示無異議的，由省級科技管理部門賦予科技型中小企業入庫登記編號，公眾可通過“評價公眾系統”查詢科技型中小企業入庫登記編號。公示有異議的，交由評價工作機構進行核實處理。